血液分析儀在使用過程中會遇到各種各樣的問題，血液分析儀的故障不僅僅限于儀器本身，還涉及到儀器的操作者和儀器所處的環境。操作者、環境及儀器本身這三個因素中任何一個出現問題，均可導致儀器發生故障。

1.操作者故障

由于操作者對儀器不熟悉或疏忽，造成不正確或不適當的操作而帶來的儀器故障。因此，對血液分析儀的操作者應先進行相關醫療設備技術培訓。隨著血液分析儀的復雜化和電腦在儀器中的廣泛應用，這項工作就顯得由尤為重要。操作規范化是保證血液分析儀正常工作的措施之一。

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2.環境故障

是指儀器工作環境的溫度、濕度、灰塵、氣流、振動、不匹配的電源、電氣或化學干擾、不合格的試劑等原因而導致儀器發生故障。

3.多種故障原因產生一種故障現象

由于血液分析儀是由多種電路，氣路和液路組合起來的相互聯系的整體，因此，常發生多種故障原因產生一種故障現象。從檢修的角度看，我們就必須知道某種故障現象可能存在的幾種原因，然后將可能的故障原因一一排除，縮小故障范圍，找到故障點，最后排除。