生化分析儀對水質有嚴格的要求，水的質量直接影響到實驗結果和醫療設備的使用期限和試驗結果的正確性。純化水制備的常用方法可分為蒸餾法、往離子法和逆滲透法，這三種方法各有利弊，最好的方式是將三類方法作不同的組合，以達到實驗室的要求。蒸餾法只能往除非揮發性的物質，很多揮發性的物質仍會通過蒸餾管進進蒸餾水中，加上制水過程耗能大及冷凝水消耗多，尚不是理想純化水的方法。往離子水的制備是使水通過離子交換樹脂柱以往除陽離子及陰離子，往離子水的電阻可達10MΩ以上，樹脂的效能愈高，電阻也愈大，通常不提倡生化檢驗直接用離子交換水。

    一般用蒸餾法制備的水為供水源，經離子交換柱后可獲得較好的實驗用水。逆滲透水是通過加壓使水滲透過極微小的滲透膜，水經過期能除往大量的不純物質，但仍有少量無機離子和有機化合物殘留。由活性碳盒、往離子樹脂柱、濾孔膜過濾單元及逆滲透單元所組合而成的純水系統是較好的純水制造系統，純水系統制造的純化水，可達到或超過國內一級水標準。

    純水的純度檢查一般包括電阻率、可溶性硅和細菌含量。臨床實驗室用水，一般選用二級，特殊實驗如酶學測定或科研用水應選一級水。三級水則用作儀器、器皿經自來水沖洗后的再沖洗。用一級水進行的實驗不得用次級水稀釋標本和配制標準液。酶活性測定應該用一級水，次級水中如含有重金屬鉛、銅或鋅，將會使酶活性受到影響。