（一）加樣系統
1、樣品轉盤：可放置小型樣品杯數十只。有的全自動生化分析儀可直接用盛樣本的試管，有的還附有條形碼閱讀裝置，能識別樣本試管上的條形碼信息，不需給樣本編號，也不必輸入病人資料即可打印出該病人的化驗報告。
2、試劑室（倉）：不同的全自動生化分析儀試劑室可容納的試劑盒數量不同，一般可容納20多種試劑。有的試劑室帶有冷藏裝置，帶有條形碼識別裝置的試劑室試劑可以任意放置試劑盒位置。
3、取樣裝置：有的醫療設備取樣本和取試劑公用同一采樣針，由內部的分流閥控制取樣本和取試劑；有的儀器有兩套取樣裝置，分別取樣本和取試劑。采樣針前端有液面傳感器防止空吸或采樣針外壁液體掛淋，采樣臂中有預溫裝置。如果采用多試劑分析方法，將占用試劑室中試劑盒位置，會減少測定項目。

（二）比色系統
1、光源：大多數分析儀使用鹵素鎢絲燈，工作波長325～800nm。有的分析儀使用氙燈，工作波長285～750nm。
2、比色杯：有分立式比色杯、分立式轉盤式比色杯、離心式比色盤、流動池。干式生化儀不需要比色杯，袋式生化儀由試劑袋經擠壓自動形成比色杯。比色杯光徑6-7mm，少數為10mm。
比色杯中的反應液需要恒溫，有37℃、30℃、25℃三檔可選擇，有的固定為37℃。多數用吹入恒溫空氣的方式，也有用恒溫水浴或半導體溫控裝置的。
為了保證比色杯中反應液有±0.1℃的精確度，分析儀的環境溫度必需保持18～30℃，室溫波動不宜超過2℃。
3、單色器：（1）干涉濾光片（2）光柵
4、檢測器：（1）光電倍增管，已很少用。（2）列陣固態光敏二極管。

（三）供排水系統
全自動生化分析儀中有很多供水管道與電磁閥。只讀存儲器中軟件參數控制電磁閥與輸液泵供給各個部件的沖洗與吸液，最后排出機外。隨機存儲器內的分析參數控制電磁閥與注射器的步進電機，供應樣本、試劑和稀釋用水。有的生化儀還能自動沖洗比色杯供反復使用。

（四）數據處理系統
每個項目的檢測結果暫時儲存在隨機存儲器中，待某個樣本所需的項目全部檢測完畢，由微機匯總打印出綜合報告單。微機的存儲器中可以存儲相當數量的病人數據與逐日的室內質控數據，隨時可以按指令調出，在熒光屏上顯示或打印，也可存儲在軟盤中長期保存，隨時調閱。