血細胞分析儀剛面世時清洗靠人工浸泡或使用毛刷清洗，假如測定完一個很高值的標本，則需要用空缺液清洗一下，以防止對下一個標本的攜帶污染。通過多年不斷的改革創新，現在很多醫療設備在完成一個標本的檢測后可自動對計數小孔、管道進行沖洗，還可同時對取樣器、稀釋器、取樣針內外進行全面清洗，減少交叉污染的機會。很多儀器在開機和關機時可自動執行清洗程序或按事先設定的清洗程序進行定時清洗，保證儀器正常工作。

    小孔管技術的改進
    小孔管是血細胞分析儀進行計數的關鍵部件，早期的儀器一般僅有一個直徑為100μ的小孔管，多使用寶石經過激光精確打孔，然后鑲嵌在玻璃支撐物上。現在多數電阻法儀器的小孔管在白細胞檢測上使用直徑為100μ的小孔管，在紅細胞和血小板檢測上使用直徑為60～80μ的小孔管，材料有寶石和特殊陶瓷等構成。例如經典的COULTER外置式小孔管，當發生堵孔時可用毛刷清理或直接拆下來清洗。早期的小孔管一般暴露在外邊，其主要目的是便于人工清洗，多為單管方式，進行白細胞到紅細胞計數轉換時最好清洗一下。

    掃流技術（SweepFlow）
    為減少已通過計數小孔后由于液流的回流而重新返回計數區造成重復計數，在小孔后面增加一個掃流液系統，將計數過的細胞通過掃流液沖進廢液管道。

    防反流裝置（VonBehrens）
    為防止細胞返回到計數敏感區，在小孔后面加一個帶孔的擋板，用負壓將已經計數過的細胞阻擋后直接收集到廢液管道中。

    水動力聚集技術(HydrodinamicFocusing)
    是目前以為最為有效的方法，也叫鞘流技術。它利用流體動力學原理，既可保證細胞位于鞘液中心并排成一列通過檢測孔中心或通過激光束中心，又保證它不會返回敏感區，目前很多高級的血液分析儀一般采用此種技術。