微生物全基因組重測序服務(wù)

服務(wù)介紹：

對(duì)已知序列的微生物基因組進(jìn)行重測序，通過序列比對(duì)，可以進(jìn)行個(gè)體或群體間的差異分析，找到大量的SNPs（單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)），InDel（插入缺失位點(diǎn)Insertion & Deletion）、SV（結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)Structure Variation）等變異類型，以廉價(jià)的方式將單個(gè)參考基因組信息擴(kuò)增為生物群體的遺傳特征。此種高通量的測序方式，可以在全基因組水平上解釋導(dǎo)致性狀差異的原因，為篩查菌株的優(yōu)良性狀，菌株抗藥性等研究提供指導(dǎo)與依據(jù)。

南京普東興生物科技有限公司是由普朗醫(yī)療與東南大學(xué)共同投資創(chuàng)辦，針對(duì)不同需求的合作伙伴，制定了研究方向，選擇不同的測序深度，可以進(jìn)行三種類型的細(xì)菌基因組測序，包括微生物基因組框架圖，精細(xì)圖，完成圖；可以靈活選擇測序方案，構(gòu)建真菌基因組精細(xì)圖。

圖 細(xì)菌基因組圈圖及COG分析

產(chǎn)品優(yōu)勢：

1、擁有標(biāo)準(zhǔn)化操作實(shí)驗(yàn)室和高通量測序技術(shù)平臺(tái)，實(shí)驗(yàn)周期短，質(zhì)量可靠；
2、性價(jià)比高：在檢測真菌類時(shí)，低價(jià)獲得至少50×coverage的全基因組測序數(shù)據(jù)以及分析比對(duì)結(jié)果；在檢測細(xì)菌類時(shí)，低價(jià)獲得至少100×coverage的全基因組測序數(shù)據(jù)以及分析比對(duì)結(jié)果，可提供初步組裝；
3、快速精準(zhǔn)：擺脫傳統(tǒng)的研究方法，直接從單堿基水平快速獲得物種真實(shí)信息，單堿基分辨率達(dá)到99%以上。

應(yīng)用領(lǐng)域：

在進(jìn)行微生物全基因組重測序服務(wù)時(shí)，針對(duì)真菌和細(xì)菌兩大類，有不同的應(yīng)用領(lǐng)域：

（一）真菌類應(yīng)用領(lǐng)域：

1、通過比較基因組分析挖掘植物病原真菌的關(guān)鍵致病因子；
2、挖掘食用、藥用真菌主要的功能基因；
3、通過大樣本量的群體分析可得出物種進(jìn)化規(guī)律、地理分布規(guī)律等。

（二）細(xì)菌類應(yīng)用領(lǐng)域：

1、細(xì)菌基因組重測序可應(yīng)用于生物醫(yī)藥領(lǐng)域(如抗生素)；
2、細(xì)菌基因組重測序可應(yīng)用于工業(yè)生產(chǎn)(如發(fā)酵)；
3、細(xì)菌基因組重測序可應(yīng)用于環(huán)境治理(如分解石油)；
4、通過細(xì)菌基因組比較分析有助于闡明微生物的許多特性(如耐高溫、耐鹽、降解塑料和抗藥性等；
5、對(duì)致病細(xì)菌的研究主要集中于毒力因子、致病島、耐藥基因、耐藥機(jī)制以及與寄主的關(guān)系等, 通過比較可以發(fā)現(xiàn)或預(yù)測致病菌的致病相關(guān)基因, 為疾病的診斷、藥靶的尋找和疫苗或抗生素的研制提供理論支持；
6、通過基因組比較還可以研究進(jìn)化史、構(gòu)建生物進(jìn)化樹。

實(shí)驗(yàn)方案流程：

技術(shù)流程：
1、樣本質(zhì)檢
接到客戶樣品的第一時(shí)間進(jìn)行質(zhì)檢，質(zhì)檢合格的樣品方能保證文庫構(gòu)建的順利進(jìn)行。
2、文庫構(gòu)建
3、模板制備
將構(gòu)建成功的文庫經(jīng)過擴(kuò)增富集，得到陽性模板用于測序。
4、上機(jī)測序
采用Ion ProtonTM半導(dǎo)體測序技術(shù)，進(jìn)行快速準(zhǔn)確的測序。

數(shù)據(jù)分析流程：
1、數(shù)據(jù)處理
1）去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù)；
2）產(chǎn)出數(shù)據(jù)及質(zhì)控統(tǒng)計(jì)；
2、標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1）初級(jí)組裝及評(píng)價(jià)，基因組概況（kmer分析，GC-Depth分析）；
2）參考基因組同源性；
3）SNP和InDel的檢測及在基因組的分布；
4）物種進(jìn)化（系統(tǒng)發(fā)育樹，進(jìn)化選擇壓力）；
3、高級(jí)信息分析
1）數(shù)據(jù)注釋結(jié)果的初級(jí)應(yīng)用；
2）不同研究領(lǐng)域的信息挖掘推薦；
4、個(gè)性化分析
可結(jié)合客戶的實(shí)際需求，協(xié)商確定信息分析的內(nèi)容，定制化分析服務(wù)。

服務(wù)須知：
1、樣本接收：
1）基因組DNA。樣本量：m≥6μg；濃度：c≥30 ng/μL；純度OD260/280≥1.8～2.0，OD260/230≥2.0
2）50ml新鮮培養(yǎng)菌液。
2、服務(wù)周期
我們會(huì)在接收到客戶的樣品并檢測合格后的30個(gè)工作日內(nèi)完成客戶的樣品測序及全部信息分析工作，并提供給客戶相應(yīng)的結(jié)題報(bào)告及數(shù)據(jù)。

選擇普東興的理由：
1、個(gè)性化方案設(shè)計(jì)：根據(jù)客戶的研究目的及項(xiàng)目需求，提供個(gè)性化方案設(shè)計(jì)，實(shí)現(xiàn)效益大化；
2、項(xiàng)目重視程度：我公司對(duì)所有項(xiàng)目都高度重視。除為客戶設(shè)計(jì)個(gè)性化的測序方案外，在整個(gè)項(xiàng)目開展階段，我們?yōu)榭蛻籼峁┘夹g(shù)咨詢服務(wù)。項(xiàng)目結(jié)束后，我們?nèi)蚤L時(shí)間保留客戶的數(shù)據(jù)，如果您在解讀數(shù)據(jù)、發(fā)表文獻(xiàn)方面遇到了困難，我們竭誠為您提供技術(shù)支持；
3、平臺(tái)優(yōu)勢：我公司擁有尖端科技半導(dǎo)體高通量測序儀，并與上海生物信息技術(shù)研究中心建立戰(zhàn)略合作，擁有強(qiáng)大的生物信息分析平臺(tái)，這使得我公司在市場上有很強(qiáng)的競爭力；
4、地理優(yōu)勢：我公司地處南京，距離華東地區(qū)科研單位較近，而且在全國各地設(shè)有辦事處，順暢的溝通保證了項(xiàng)目進(jìn)行過程中遇到的問題可隨時(shí)解決，提高項(xiàng)目的完成效率。

希望你我的合作將共同搭建一個(gè)幸福的橋梁！全國免費(fèi)咨詢電話：400-6656-888。