全自動生化分析儀的分析方法首先是基于常規生化實驗室的基本方法，如終點法、連續監測法和比濁法等。由于全自動生化分析儀使用了高新技術，使這些方法得到了擴展，也使得該醫療設備使用范圍越來越廣泛。終點法包括單波長、雙波長終點法和比濁法；一點終點法和二點終點法等。連續監測法可分為二點速率法和多點速率法、測定用波長可選為單波長、雙波長或多波長。校正方法有二點校正、多點校正、線性、非線性等。

1. 終點分析法
     終點分析法是基于反應達到平衡時反應產物的吸收光譜特征及其對光吸收強度的大小，對物質進行定量分析的一類方法，它是實驗室最常用的方法之一。終點分析法可分為一點終點法和兩點終點法，兩點終點法可以用一種試劑，也可以用兩種試劑，是生化自動分析儀近年來廣泛采用的分析方法。為消除非成色反應形成的吸光度值，減少樣品的顏色和濁度所產生的影響，自動生化分析儀常采用雙波長法用于檢測。

2. 連續監測法
     測定底物的消耗或產物天生速度的化學方法稱為連續監測法，又稱動態分析法、速率法或動力學法。儀器連續測定酶促反應過程中某一反應產物或底物的濃度隨時間變化的多點數據，求出酶反應初速度，間接計算酶活性濃度。因其可觀察反應的過程，相對減少了誤差，大大進步了分析速度和正確性。自動分析的動態分析法主要適用于酶活性及其代謝產物的測定。其檢測方法都是在反應的線性期進行連續觀察，計算出單位時間內吸光度值。其具體方法有兩點速率法和多點速率法。
     透射比濁分析和均相酶免疫分析法是近年隨著檢驗技術、分子生物學和標記技術的發展，應用于生化自動分析儀測定的新方法。