國產生化分析儀的參數設置包括樣品與試劑量、試劑的選擇、測定方法的選擇、波長的選擇、校正方法和分析時間的選擇等。樣品與試劑量的確定一般按照試劑說明書上的比例，并結合儀器的特性進行設置。試劑有單試劑法和雙試劑法供操縱者選擇，在反應過程中僅加一次試劑的方法稱單試劑法，該法常用做終點分析；為了消除檢測體系或標本的混濁帶來的影響可選用雙波長法或雙試劑法，目前全自動生化分析儀的終點分析多用此法。

    波長的設定應根據特定反應產物對光吸收的特點進行選擇測定，有色溶液則由其對光的特異性吸收波長而定，雙波長測定過程中還要選擇合適有效的副波長。醫療設備內設置的校正方法一般包含二點校正、多點校正、線性、非線性等。生化反應的時間是某一項目所特有的，分析時間的選擇應根據所采用的測定方法的不同而異。